如果碗蓮種子發芽后芽出水面但枯萎了，可能是由于以下幾個因素導致的問題：

1. 水溫過高或過低：碗蓮適宜生長的水溫一般在22°C至28°C之間。如果水溫過高或過低，芽的發育可能受到影響，導致枯萎。確保提供適宜溫度的水環境是種子發芽成功的關鍵。

2. 光照不足：碗蓮喜歡充足的陽光，光照不足可能導致芽無法正常生長而枯萎。確保給予足夠的光照，可以放置在室外陽光充足的地方或者使用人工光源補充。

3. 水質問題：水中的污染物、有害物質以及缺乏氧氣會對芽的發育造成負面影響。確保提供清潔的水，并定期更換新鮮的水以提供足夠的氧氣。

4. 缺乏養分：合適的營養對于芽的健康生長非常重要。您可以嘗試添加適量的水族箱肥料或液體肥料，確保芽得到必要的養分供應。

如果以上問題都得到了合理解決，而芽仍然枯萎，那可能是因為種子質量有問題或其他植物疾病等原因。您可以咨詢當地的園藝專家或與種植碗蓮有經驗的人士一起探討，并嘗試其他種植方法來提高成功率。